「神崎郡志稿」によれば、明暦3年（1657年）に佐々木六角氏の菩提寺として釋道順によって創建されたという。これに対し、「妙楽寺史」には妙楽寺を中興した了念が康永3年（1344年）に源通寺に隠居したという記述がある。
了念の例のように、源通寺は基本無住で隠居した妙楽寺の住職がときどき住職となることもあるという特殊な形態の寺院であった。
現本堂は前の本堂が文政2年（1819年）の大地震によって倒壊したあと、法光寺・妙楽寺・誓教寺に次いで最後に再建された。
昭和18年（1943年）、国策により門徒は妙楽寺へ移管され、閉山した。現在まで堂宇は残る。
