寛弘年間（1004年 - 1011年）に本庄寺と称する天台宗の寺院があり、権少僧都普賢がこの付近（現・長浜市本庄町 西黒田地区）に立ち寄り、その奥堂に滞在した。
普賢は長元7年（1035年）6月、普賢山長元寺という一寺を本庄の東の山間部（現・字上源寺谷）に開いた
永正8年（1511年）、その頃の住僧であった惠信が本願寺9世・実如上人に帰依し、浄土真宗に転じた。その3年後、かつて本庄寺があった現在地付近に移転し、寺号を長源寺と改めた。おそらくこの頃山号も普賢山から一谷山へと変えたと思われる。
元亀2年（1571年）、元亀争乱に巻き込まれたと思われ、兵火にかかったとされる。
慶安3年（1650年）頃には、大谷派の長浜御坊大通寺と本願寺派の長沢御坊福田寺の本末論争によって、長源寺は本願寺派の西長源寺と大谷派の東長源寺とに分裂した。
のちに山号を戻した。
