元禄3年（1690年）の棟札によると、苑主は惣村中（大久保村中）となっており、人々の願いから、白幡山行連寺・別当導師により開かれたと伝えられています。
西戸洞・谷津洞・山後洞・上大久保洞（現在の三区・四区・五区・六区）の氏神とはっきりわかるのは明治八年（一八七五年）の棟札です。
神社へ鶏の絵馬を奉ずれば、子供の咳を除く霊験あらたかなりと伝えられ「おみだらせ」（神水・湧き水が年中出ていた）を持ち帰り与えれば百日咳が治った事から、御礼参りに絵馬を奉納しました。
神殿は、五回改築された記録が残っており、現在の神殿は平成十三年六月に氏子の寄進により改築されたものです。
尚、明治8年（1875年）上大久保洞の有志が赤岩神社を祀つりましたが、当時の棟札によると、四洞の記述がはっきり残っており、同年、雲渡神社は摂神となりました。
（由緒書きを掲載）
