当社の創始については詳らかではないが、『新選姓氏禄』左京皇別下に「上毛野坂本朝臣 上毛野同祖。豊城入彦命十世紀孫佐太公之後他」とあり、一説に当地に来た佐太公の子孫である坂本朝臣の氏人等が自らの氏号を以て村名とし、ここに自身の祖とされる豊城入彦命(崇神天皇の皇子)の神霊を奉斎、産土神として祀ったのが始まりという。尚、当村の北に佐田村があり、また当社地は坂本朝臣の古墳であったとの伝承も残されている。ただし、豊城入彦命は『神社明細書』(昭和27年)に登載されておらず、一考を要する。江戸時代には天王社と呼称し、氏子の崇い崇敬を集めた。明治5年、村名に因んで佐賀茂登神社と改称。明治45年3月16日、当社は境内社の天雨拝現神社(または天瓊鉾社ともいう。<天一神、天白神>)、田中神社、八柱神社の３社とともに式内社とされる中麻績神社(現麻績神社。明和町大字中海鎮座)に合祀された。昭和43年11月3日、再び分祀、旧鎮座地に復し、今日に至っている。
