天長年間(812～834)以前の創建と伝えられ､寺跡からは6世紀の鉄製品や延暦年間の木簡が出土している｡
一時は廃寺となり､約400年後､後嵯峨天皇の御世(鎌倉時代)に京都東福寺の開山圓爾が郡村(現在の崇恩寺の西北の地)に一寺を再建し､宝林山正蔵寺と号し､律法及び禅戒を唱導した｡
その後､後奈良天皇の天文9年(1540年)地元豪族の石田宗伯が仏門に帰依し､南都西大寺の興正菩薩の威風を慕い草庵(崇恩寺)を結び､戒行の円満を期し併せて報恩崇祖の誠を尽くした｡だが､天正9年織田信長の伊賀侵攻で両寺は焼失､徳川初期に旧地に両寺共に復興(両寺共に真言律宗)｡
明治初年正蔵寺は､崇恩寺と合併し石田山正蔵院崇恩寺となる｡現在の本堂は昭和8年に再建され､昭和58年には､木津川の拡幅により､観音堂を移転し､行者堂に合祀｡祀られている板碑は､元享元年(鎌倉時代)のもので､同じ銘文のもが､慈尊寺(第63番)にあり､同じ人物による奉納である｡
平成14年に大師堂を新築｡お大師さまとともに､元禄7年(1694年)造立の高さ5尺､巾2尺5寸の大位牌をお祀りしている｡
