創建年代は不詳。かつて真言宗の寺院であったが、文明6年（1474年）に空善が浄土真宗へ改宗し、併せて長福寺と改めた。
宝永年間、将軍家宣の子に長福丸という名がつけられたため同名をはばかって松徳寺と改めたが、宝暦年間に戻された。
有里地区にある地蔵堂には、最澄作と伝わる不動明王が祀られている。これは長福寺が浄土真宗へ改宗された際に別の堂を作って移し、安置したものだという。この堂は万治3年（1660年）に谷汲観音堂普請が始まり翌年竣工したことから、翌年（寛文元年/1661年）8月から1年余開帳されていた。
