永仁2年（1294年）、山姥を退治した福富新蔵によって全徳坊として創建された。
文明7年（1476年）、徳林寺中興後の創建開山・寿嶽宗彭和尚により全徳庵と改称され、徳林寺の塔頭となる。
天正12年（1584年）に小牧・長久手の合戦が起こると、秀吉方の兵火に遭い全焼した。慶長3年（1598年）、海甫和尚（中興開山）によって再建された。
明治34年（1901年）、10世・大休和尚により全徳寺と改称されるとともに、徳林寺塔頭から本山妙心寺の直末となる。
平成元年（1989年）、12世・文雄和尚によって諸堂が再建された。
平成18年（2006年）、書院と茶室が完成した。
現住職は13世・玄哲。
